В 2041 году мир пережил катастрофу, когда Третья мировая война стерла с лица Земли две трети человечества. В этом новом, жестоком обществе вера в божественные силы и сверхъестественные сущности стала считаться не только нелепой, но и опасной. Правительство, стремясь искоренить любые намёки на религиозные убеждения, создало специальное вооружённое подразделение, задачей которого стало выявление и «перевоспитание» верующих.
В центре событий находятся братья Наоя и Наото Кирихара, обладающие уникальными экстрасенсорными способностями. На протяжении многих лет они скрывались от общества, прячась в изоляции, чтобы избежать преследования. Однако, после долгого времени в тени, они оказываются вынуждены покинуть своё укрытие. Теперь их преследуют два брата-оперативника из элитного спецотряда, которые готовы на всё, чтобы поймать и нейтрализовать «угрозу» в лице Кирихара.
С каждой минутой напряжение нарастает: братья сражаются не только за свою жизнь, но и за право верить в то, что они хотят. На фоне разрушенного мира, где человечество потеряло надежду, их способности становятся последней искоркой света. Путешествуя по опустошённым городам и сталкиваясь с жестокими реалиями нового порядка, Наоя и Наото должны найти способ скрыться от преследователей и понять, как использовать свои силы, чтобы изменить судьбу мира, который отверг их. «Сумеречный разум 2041» — это история о вере, надежде и борьбе за право быть собой в мире, где это стало преступлением.