Рэйто Мидзухара, студент кафедры передовых технологий, всю свою жизнь дружит с Эрисой, с которой они вместе учились с начальных классов. Его чувства к ней давно переросли в настоящую любовь, но решиться признаться в этом он смог лишь накануне судьбоносного события. Из-за серьезной болезни Рэйто должен пройти процедуру гибернации, чтобы уснуть на пять лет и дождаться разработки лекарства, способного его излечить. На прощание Эрисе он открывает свои чувства, и она обещает, что будет ждать его возвращения. Однако ни он, ни она не подозревают, какие перемены произойдут в мире за это время.
Когда Рэйто наконец пробуждается, он сталкивается с совершенно новой реальностью. Мир, который он знал, изменился до неузнаваемости, и на его пути возникают неожиданные испытания. Теперь ему предстоит не только адаптироваться к новым условиям, но и разобраться в сложных отношениях с окружающими, среди которых есть как старые знакомые, так и новые союзники. Каждый из них имеет свои цели и желания, и Рэйто оказывается в центре событий, которые могут изменить все его представления о дружбе и любви.
Смогут ли его чувства к Эрисе выстоять перед лицом новых вызовов? Как изменится их связь в условиях, когда на кону стоит не только его жизнь, но и судьба всего человечества? "Гарем конца света" — это история о любви, дружбе и борьбе за выживание в мире, где всё может измениться за одну ночь.