В 2050 году юный техник по имени Деррида, работающий в компании Rebuild, основанной его отцом, становится известным благодаря своему участию в разработке амбициозного проекта «Autonomous Machine DZ». Однако вскоре он и его лучший друг Нэйтан начинают замечать тревожные сбои в работе машины. Несмотря на их попытки сообщить о проблемах начальству, ситуация остается без изменений.
События принимают неожиданный поворот, когда на встрече в честь дочери Нэйтана, Мэйдж, их атакуют таинственные существа. В результате нападения Ивэйн, один из главных героев, оказывается в коме, а его сознание помещается в криокамеру. Он пробуждается спустя целых десять лет и обнаруживает, что мир погрузился в хаос и войну, а проект DZ, некогда призванный улучшить жизнь, вышел из-под контроля и стал угрозой для человечества.
Теперь Деррида, оказавшись в разрушительном будущем, должен найти Мэйдж и выполнить последнюю просьбу Нэйтана — спасти его дочь. На этом пути он сталкивается с множеством испытаний и раскрывает тайны, связанные как с DZ, так и с собственным прошлым. Его путешествие становится не только борьбой за жизнь Мэйдж, но и поиском смысла в мире, где технологии, неконтролируемые людьми, стали причиной разрушений.
«Деррида, покоривший время» — это аниме о дружбе, преданности и важности выбора, которое заставляет задуматься о последствиях человеческого прогресса.