Кайто Даймон – десятиклассник с неординарным умом, который, несмотря на свои выдающиеся способности, совершенно не интересуется учебой. Вместо этого он поглощен миром загадок и головоломок. Его жизнь в академии «Квадратный корень» усложняется благодаря подруге детства Ноноха Ито – энергичной и спортивной девушке, которая заботится о нем, как о младшем брате. В этой необычной школе, где студенты увлечены решением сложнейших задач, Кайто сталкивается с президентом школьного Совета Содзи Дзикукавой. Содзи, желая проверить способности Кайто, бросает ему вызов, отправив его в смертельный лабиринт. Пройдя его с помощью Нонохи, Кайто получает «контракт Орфея» – устройство, открывающее ему доступ к уникальным возможностям его мозга, известным как «фи брэйн».
Теперь Кайто становится одним из Решателей – избранных, способных противостоять загадкам таинственной мировой организации, создающей неразрешимые головоломки. Под псевдонимом Эйнштейн и с верной Нонохой рядом, он начинает свое путешествие в мир, где успехи измеряются не словами, а реальными достижениями. Каждый новый вызов приближает его к разгадке «мистерии Бога», но истинные намерения директора школы и зловещих сил, стоящих за всем этим, остаются в тени. Кайто предстоит не только решать головоломки, но и выяснить, что скрывается за этой загадочной игрой, которая может изменить не только его жизнь, но и судьбу всего мира.