Алхимия — это наука, сосредоточенная на преобразовании материи, основанная на принципе равнозначного обмена: чтобы что-то получить, нужно отдать нечто равноценное. Эдвард и Альфонс Элрики, сыновья выдающегося алхимика, в возрасте 11 и 10 лет решают использовать свои знания, чтобы вернуть к жизни свою покойную мать. Однако их попытка создать человека оборачивается катастрофой: братья терпят неудачу, и Эдвард теряет ногу, а Альфонс оказывается поглощённым. Чтобы спасти брата, Эдвард жертвует своей правой рукой и возвращает душу Альфонса, но та оказывается запертой в старинном доспехе.
С новыми металлическими протезами Эдвард и Альфонс покидают родной город и поступают на государственную службу, стремясь получить доступ к ресурсам военных. Их цель — разгадать тайну человеческого преобразования и вернуть друг другу утраченные тела. В поисках решения они нацеливаются на легендарный философский камень, который, как говорят, способен обойти закон равнозначного обмена. Однако вскоре братья понимают, что они не одни в своих поисках: их ждет множество опасностей, интриг и противников, готовых на всё ради обладания камнем.
С каждым шагом их приключения становятся всё более запутанными, и братья сталкиваются с моральными дилеммами, которые ставят под сомнение саму природу человеческой жизни и жертвы, которые они готовы принести ради своей мечты. "Стальной алхимик" — это история о братстве, жертвах и поисках истины в мире, полном тайн и опасностей.