Два года прошли с тех пор, как отважная команда супербойцов, возглавляемая Клаудом Страйфом, одержала победу над ужасным злодеем Сефиротом, спасая мир от его тирании. Время исцелило раны войны, и Клауд, желая оставить позади свои мрачные воспоминания, нашел утешение в жизни в сиротском приюте. Здесь, среди беззащитных детей, он надеется забыть о прошлых сражениях и найти мир в своем сердце. Однако спокойствие его жизни оказывается лишь иллюзией.
На планете начинает распространяться загадочная болезнь, поражающая не только взрослых, но и детей. В это непростое время в окрестностях приюта появляется таинственный незнакомец по имени Кададж. Его намерения вызывают тревогу: он явно замышляет нечто зловещее, и его планы связаны с беззащитными сиротами, которых Клауд так бережно защищает.
Ситуация усугубляется, когда становится ясно, что Кададж и его последователи имеют отношение к темным тайнам прошлого, и что их действия могут поставить под угрозу не только жизнь детей, но и судьбу всего мира. Клауд вновь оказывается перед выбором: оставить свои страхи и вернуться в бой или позволить тьме поглотить все, что ему дорого. В этом новом испытании ему предстоит не только сразиться с внешними врагами, но и противостоять собственным демонам, чтобы защитить тех, кто нуждается в его помощи.