В 14 лет Такума Хиросэ сталкивается с ужасной утратой — его мать трагически погибает, и этот шок оставляет глубокий след в его душе, почти лишая его зрения. В поисках утешения, его отец отправляет его к дяде в маленькую деревню, надеясь, что смена обстановки поможет мальчику справиться с горем. По прибытии Такума начинает восстанавливать своё здоровье и адаптироваться к новой школе. Однако жизнь в деревне оказывается намного более сложной, чем он предполагал.
В классе его встречает неприязнь со стороны одноклассников, возглавляемых влиятельной «королевой школы». Они издеваются над беззащитной Хаями Кохинатой, и, наблюдая за её страданиями, Такума начинает испытывать к ней симпатию. Но вскоре он узнаёт шокирующую правду: к трагедии, произошедшей с его матерью, имеют отношение люди из клана Кохинаты. Это открытие становится для Такумы настоящим ударом, и он переживает новый нервный срыв.
Сюжет «H2O: Следы на песке» погружает зрителей в мир, полный эмоциональных противоречий, где дружба, предательство и поиски справедливости переплетаются на фоне живописной деревенской жизни. Такума вынужден не только справляться с собственными демонами, но и искать путь к пониманию и прощению в непростой ситуации, где каждый шаг может привести к неожиданным последствиям. Аниме исследует темы горя, любви и внутренней силы, показывая, как трудно порой найти свет в тёмные времена.