В недалеком будущем человечество столкнулось с угрозой, исходящей от загадочных существ, известных как «Фестумы», которые почти полностью уничтожили человеческую цивилизацию. В условиях постоянной борьбы за выживание, оставшиеся в живых пытаются противостоять этим инопланетным захватчикам, стремящимся слить все живое в единое целое. Однако на удаленном японском острове Тацумия царит тишина и спокойствие. Местные взрослые, используя уникальные технологии для защиты от Фестумов, делают всё возможное, чтобы сохранить детям беззаботное детство, вдали от ужасов внешнего мира.
Тацумия на протяжении многих лет остаётся последним оплотом спокойствия на планете. Но однажды защита острова оказывается под угрозой, и Фестумы проникают на его территорию. Теперь подросткам, которые выросли в относительной безопасности, предстоит взять на себя ответственность за защиту своих взрослых. Оказавшись на передовой борьбы, они обнаруживают, что именно на них легла тяжесть наследия генной инженерии, разработанной для борьбы с захватчиками. Только они способны управлять гигантскими боевыми машинами, известными как Фафниры.
События разворачиваются на фоне напряженной борьбы, где юные герои должны не только освоить управление мощными машинами, но и раскрыть тайны своего происхождения и предназначения. Им предстоит научиться доверять друг другу и объединить свои силы, чтобы противостоять неведомой угрозе и спасти то, что осталось от человечества. «Небесный Фафнир» — это история о взрослении, дружбе и борьбе за будущее в мире, где надежда кажется потерянной.