Земля стоит на краю гибели, и для восстановления порядка создается уникальная организация под названием «Future Foundation». Несмотря на активные усилия этой группы по восстановлению мира, Макото Наэги оказывается в центре подозрений, его обвиняют в предательстве. Чтобы выяснить истину и определить судьбу Наэги, представители организации организуют специальное собрание, в ходе которого участники должны пройти через испытания.
Каждому участнику выдается особый браслет, способный выделять усыпляющее облако. Пока все находятся в состоянии сна, таинственный предатель использует этот момент, чтобы расправиться с одним из членов сообщества. Теперь, чтобы спасти себя и других, нужно раскрыть личность убийцы и предотвратить дальнейшие преступления.
В этой напряженной атмосфере доверие становится дефицитом, а каждый шаг может оказаться роковым. Участникам предстоит столкнуться с психологическими испытаниями, где их умения и интуиция будут проверены на прочность. Кто сможет разоблачить злодея и вернуть надежду на будущее, а кто станет жертвой хитроумного плана? «Данганронпа 3: Будущее» — это захватывающая история о борьбе за выживание, предательстве и поисках правды в условиях, когда каждый может оказаться врагом.