Действие аниме "Боевая фея Вьюга" разворачивается в недалёком будущем, спустя 33 года после того, как Землю атаковали пришельцы, известные как JAM. Благодаря совместным усилиям мировых держав и ООН, агрессоры были вытеснены на свою родную планету Фею, где продолжаются ожесточённые сражения. Однако на Земле память о войне постепенно стирается, и люди начинают воспринимать её как вымышленный сюжет, забывая о реальной угрозе.
В центре сюжета находится лейтенант Рей Фукаи, талантливый пилот истребителя "Вьюга", обладающего не только выдающимися боевыми характеристиками, но и уникальным искусственным интеллектом, который помогает ему в сложнейших воздушных боях. Рей и его "Вьюга" служат в 5-м подразделении Специальных Воздушных Сил (SAF), которое является частью Воздушных Сил Феи (FAF).
Тем временем, JAM не стоят на месте: они освоили технологии землян и начали подрывную деятельность внутри FAF, угрожая безопасности людей на Фее. В условиях нарастающей опасности необычные способности "Вьюги" и мастерство Рэя становятся последней надеждой на окончание затянувшейся войны. Каждый вылет в небо — это не только борьба за выживание, но и шанс раскрыть тайны, которые могут изменить ход конфликта. Сможет ли Рей и его верный истребитель противостоять новым вызовам и вернуть мир на обе планеты?