В первой половине XXI века человечество столкнулось с катастрофическими последствиями глобального потепления: огромные участки суши, включая города и сельскохозяйственные земли, ушли под воду. Однако на этом беды не закончились. В один из мрачных дней на горизонте появился таинственный «Флот тумана», состоящий из высокотехнологичных водоплавающих судов, превосходящих все достижения человечества. Эти машины действовали агрессивно и быстро стали угрозой, после чего последовала кровопролитная война, которая оставила выживших без желания вновь покорять моря.
Спустя семнадцать лет после этих событий группа молодых людей, во главе с Гундзо Чихайей, неожиданно находит одну из подводных лодок «Флота тумана». Переименовав её в I-401 и получив поддержку антропоморфной сущности, представляющей эту подлодку, по имени Йона, они решают бросить вызов могущественному противнику. С каждым новым шагом они сталкиваются с загадками и опасностями, которые ставят под сомнение не только их силы, но и саму природу войны.
«Арпеджио голубой стали» — это история о борьбе за выживание, о дружбе и о том, как технологии могут стать как благословением, так и проклятием. В этом мире, где море стало полем боя, а машины обрели разум, герои должны найти в себе силы, чтобы противостоять не только внешнему врагу, но и внутренним демонам.