Когда Мояко Коноэ и её младший брат Акира были детьми, Акира однажды с легкой наивностью заявил, что, вырастая, женится на своей сестре. Это был всего лишь детский бред, который быстро забылся. Однако с годами, когда они стали старшеклассниками, Мояко начала воспринимать это заявление иначе. Акира, поглощенный повседневной жизнью обычного школьника, не помнил о своих детских мечтах, но у Мояко в голове укоренилось странное убеждение: её брат стал настоящим извращенцем с комплексом старшей сестры.
С каждым годом беспокойство Мояко нарастало. Она понимала, что, став подростком, Акира может попытаться реализовать свои детские фантазии, и это ее пугало. Чтобы предотвратить возможные проблемы, Мояко решила взять дело в свои руки и реабилитировать своего брата, превращая его в нормального члена общества. Так началась череда абсурдных ситуаций, в которые она умудрялась втягивать обоих, придумывая невероятные теории и сценарии, порой ставя себя в неловкие и пикантные ситуации.
Мояко, полная решимости, стала создавать комические и порой нелепые ситуации, чтобы отвлечь Акиру от его странных мыслей. Каждый день для них превращался в новое приключение, полное смеха и недоразумений, где брат и сестра сталкивались с неожиданными поворотами судьбы. «Журнал сестры» — это аниме о забавных и порой откровенных отношениях между братом и сестрой, где любовь и забота соседствуют с абсурдным юмором и подростковыми переживаниями.