Токио, 1995 год. В обычной старшей школе учится 16-летний Микия Кокуто — парень, который на первый взгляд кажется непримечательным, но обладает выдающимся умом и проницательной интуицией. Его внимание привлекает странная одноклассница Сики Рёги, наследница древнего и знатного рода. Она всегда появляется в кимоно, невозмутимо игнорируя окружающих. Однако Микия решает разобраться в её загадочной натуре, и вскоре между ними завязываются необычные дружеские отношения.
Но спокойствие их юности нарушает череда ужасающих и необъяснимых убийств, затрагивающих жизнь многих людей, оказывающихся вовлечёнными в эту тёмную историю. Микия и Сики становятся свидетелями и участниками событий, которые ставят под сомнение их собственные взгляды на мир. Они сталкиваются с философскими вопросами о добре и зле, о том, что значит быть человеком, и как далеко они готовы зайти в поисках правды.
«Если долго вглядываться в бездну, бездна начинает вглядываться в тебя» — эта мысль становится лейтмотивом их путешествия. Микия и Сики, не боясь заглянуть в тёмные уголки человеческой природы, исследуют грани своей реальности, где моральные нормы размываются. Их дружба подвергается испытаниям, но они не из тех, кто сдается. Они возвращаются, даже когда всё вокруг рушится, и продолжают искать ответы на вопросы, которые могут изменить их судьбы навсегда. В «Границе пустоты: Сад грешников. Фильм второй» зрители увидят, как любовь и дружба могут противостоять самым глубоким страхам и темным сторонам человеческой натуры.