В 1999 году на Землю обрушивается гигантский метеорит, который оказывается инопланетным космическим кораблем, получившим название «Макросс». В ожидании появления его истинных владельцев, человечество начинает изучать и восстанавливать системы этого загадочного судна. Однако вскоре выясняется, что пришельцы, которые появляются, вовсе не хозяева «Макросса», а его давние враги — гигантская раса Зентреди.
Неожиданно для всех, главная пушка корабля срабатывает сама по себе, и начинается масштабная война между земными силами и инопланетными захватчиками. Несмотря на их колоссальный рост и превосходные навыки в боевых действиях, Зентреди оказываются уязвимыми в том, что касается человеческих эмоций. Они не знакомы с культурой и любовью, и именно это становится ключевым моментом в противостоянии. Простой романтический мотив оказывается более мощным оружием, чем любые боевые машины, созданные экипажем «Макросса».
На фоне этой войны разворачивается сложный любовный треугольник между пилотом Ичидзё Хикару, его решительной начальницей, капитаном Хаясэ Мисой, и начинающей поп-звездой Линн Минмэй. Их отношения переплетаются с эпическими сражениями и стремлением спасти человечество, создавая уникальную атмосферу, где любовь и война идут рука об руку. «Гиперпространственная крепость Макросс» — это не просто история о космических сражениях, но и глубокая драма о человеческих чувствах, культуре и силе музыки, способной изменить ход истории.