Действие разворачивается спустя некоторое время после завершения первого сезона. Ёко погружается в подводные исследования у берегов Мадагаскара, в то время как Мадока, утратившая способность активировать «глаз ауры», решает вернуться в Камогаву. По возвращении домой она находит письма от своих друзей Лан и Мугини, которые делятся своими жизненными событиями и поздравляют её с наступающим Новым Годом.
С окончанием учебного года Мадока готовится к переходу в следующий класс, и её день рождения уже не за горами. В это время её верные подруги решают навестить её и отправляются в межгалактический туристический центр на планете Полигидрон, где выставлена копия Камогавы. Это путешествие обещает быть полным новых впечатлений и воспоминаний, которые укрепят их дружбу.
Мадока, находясь в ожидании встречи с подругами, погружается в размышления о том, как изменились их жизни и как важно сохранять связь, несмотря на расстояние. На фоне этих событий разворачиваются новые приключения, полные загадок и открытий, которые ждут героинь в их стремлении понять себя и окружающий мир. Вопросы о дружбе, выборе и времени становятся центральными темами, создавая глубокую эмоциональную связь с зрителем. "Цветок вечности: Дни Камогавы" продолжает исследовать мир, наполненный магией и человеческими чувствами, заставляя задуматься о том, что действительно важно в жизни.