Тэцуро — юный мечтатель из маленького провинциального городка, который неожиданно оказывается в ярком и ультрасовременном мегаполисе, где возвышается планетарная станция «Мегаполис». Здесь начинается его захватывающее приключение, когда он решает попасть на Галактический экспресс 999 — загадочный поезд, который способен перенести его в мир, полный возможностей. Однако, чтобы сесть на этот легендарный поезд, Тэцуро вынужден пойти на крайние меры и украсть билет. Это действие приводит к его преследованию со стороны полиции механических людей, которые не оставят его в покое.
В самый критический момент, когда надежда почти угасла, ему на помощь приходит таинственная и обаятельная Мейтел. Она не только спасает его от захвата, но и предлагает стать его спутницей в путешествии по бескрайним просторам космоса. Вместе они отправляются в незабываемое путешествие, полное опасностей и неожиданных встреч.
Тэцуро движет жажда мести к механическим существам, которые убили его мать во время охоты на людей. Его цель — найти графа Мекку, ответственного за эту трагедию. На протяжении всего пути мальчик учится различать добро и зло, понимая, что его ненависть может привести к непредсказуемым последствиям. «Прощай, Галактический экспресс 999: Терминал Андромеды» — это не просто история о мести, это глубокая драма о человеческих чувствах, дружбе и поисках своего места в мире, где технологии и человечность находятся в постоянном противоречии.