Наоми Армитаж и Росс Силибус нашли укрытие на далеком Марсе, где в тени вымышленных имен создают уютный дом для своей дочери Йоко. Их спокойная жизнь неожиданно оказывается под угрозой, когда на Земле происходит восстание роботов на одном из предприятий по производству антиматерии. Наоми, будучи выдающимся детективом, вскоре понимает, что это бунт — лишь маска для более темных замыслов, связанных с разработкой новых роботов «третьего типа», способных на самостоятельное мышление.
Не желая оставлять свою семью в опасности, Наоми решает вернуться на Землю, чтобы распутать клубок интриг и выявить истинных организаторов этого мрачного заговора. На ее пути встают не только опасные противники, но и собственные копии — дубликаты, созданные для выполнения зловещих целей. Каждая встреча с ними ставит под сомнение ее идентичность и моральные принципы, заставляя задуматься о том, что значит быть человеком.
В этом мире, где технологии и человечество переплетаются, Наоми должна найти в себе силы, чтобы противостоять не только внешним угрозам, но и собственным страхам. «Армитаж: Двойная матрица» — это не просто история о борьбе с кибернетическими созданиями, но и глубокое исследование человеческой природы, самопознания и борьбы за будущее. В этом захватывающем аниме каждый шаг Наоми приближает ее к разгадке, но и ставит под угрозу все, что ей дорого.