Харуто решает оставить свою родную Хиросиму и переехать в Токио, чтобы жить со старшей сестрой и быть ближе к своей девушке Эбе. Их отношения стали испытывать трудности после того, как Эба уехала, и расстояние стало настоящим испытанием для обоих. Харуто надеется, что переезд поможет восстановить их связь и вернуть прежние чувства. Однако, как только он прибывает в столицу, его ожидания сталкиваются с суровой реальностью.
Соседка сестры, увидев Харуто, принимает его за грабителя и вызывает полицию, что приводит к комичным, но неловким ситуациям. В то же время, Эба, вместо того чтобы радостно встретить своего парня, начинает избегать его. Харуто не понимает, что происходит, и его сердце наполняется тревогой и неуверенностью. Он пытается разобраться в своих чувствах и найти способ наладить отношения с Эбой, но каждый раз сталкивается с новыми преградами.
Сюжет аниме "Город, в котором ты живёшь" погружает зрителей в мир юношеских переживаний, любви и одиночества. Харуто сталкивается с реальными трудностями в своих отношениях и осознает, что расстояние — это не единственное препятствие на пути к счастью. В этом эмоциональном путешествии он открывает для себя важные уроки о любви, доверии и необходимости преодолевать трудности ради тех, кто дорог.