В недалёком будущем прогресс технологий достиг таких высот, что опасные работы на планетах и в космосе выполняются роботами, известными как I-Machines. Главная героиня, Мая Микури, студентка Академии Альянса, неожиданно оказывается в центре напряжённой ситуации, когда её робот сталкивается с космическими пиратами. Это событие кардинально меняет её жизнь и приводит к тому, что она становится частью экипажа горнодобывающего космического судна.
События разворачиваются на фоне жестокой борьбы за ресурсы, где Мая, несмотря на свою юность и неопытность, проявляет невероятную смелость и решимость. Она сталкивается с моральными дилеммами и трудными выборами, которые подталкивают её к взрослению и пониманию истинной ценности дружбы и командной работы. В ходе своих приключений она не только учится управлять I-Machines, но и раскрывает тайны, связанные с пиратами и их мотивами.
Аниме "Идентификатор-0" погружает зрителей в мир, где технологии и человечество переплетаются, создавая уникальную атмосферу. Мая, преодолевая все трудности, находит своё место в команде и начинает осознавать, что даже в самых тёмных уголках вселенной можно найти свет надежды и возможности для изменения. История о борьбе, самопознании и важности выбора, которая оставляет след в сердцах зрителей.