Акэно и Моэка с ранних лет восхищались смелыми девушками, которые посвятили свои жизни морю — «Голубыми русалками», военно-морским отрядом, управляющим боевыми кораблями. В начальной школе они дали друг другу обещание стать морскими специалистами, мечтая о жизни на воде, защите океана и приключениях на бирюзовых волнах. Спустя несколько лет их пути пересекаются вновь, но теперь они — студентки морской академии, готовые к новым вызовам.
Им доверяют ответственные роли капитанов своих собственных кораблей, и в течение двух недель им предстоит провести время в открытом море, осваивая искусство навигации и формируя сплоченные команды. Корабль «Харэказэ», под командованием Акэно, отправляется в первое плавание, но вскоре сталкивается с непредвиденными трудностями: проблемы с двигателем задерживают их в пути.
В самый разгар этих испытаний на их судно неожиданно открывает огонь инструкторский корабль. В этот критический момент Акэно вынуждена проявить все свои лидерские качества и смекалку, чтобы справиться с ситуацией и защитить свою команду. Это первый день её капитанства, и от её решений зависит не только успех их миссии, но и безопасность всей команды. Сможет ли она справиться с давлением и стать настоящим лидером, как мечтала с детства? История о дружбе, смелости и преодолении преград разворачивается на фоне бескрайних морских просторов в аниме «Морская академия» (2016).