Ночью, перед завершающим аккордом летних каникул, Асаба Наоюки решает тайком посетить школьный бассейн. В этом уединённом месте он неожиданно сталкивается с загадочной Ирией Кану — девушкой, чьи запястья украшены электрическими шарами. Вскоре Ирия становится ученицей его класса, но её попытки наладить отношения с одноклассниками оказываются неудачными. Единственным, с кем она может открыться, становится Наоюки. Их дружба стремительно развивается, однако Ирия часто оказывается в центре странных событий: её вызывают в учительскую, и она ведёт себя порой весьма необычно.
Каждый раз, когда Ирия оказывается в затруднительном положении, появляется таинственный Эномото в чёрном плаще, что наводит на мысли о её важной миссии, навязанной судьбой. Параллельно с их историей, радиоклуб школы начинает исследовать загадки военного полигона Сонохара и инцидент с инопланетянами, произошедший в 1947 году. Постепенно всплывают факты о секретных боевых кораблях «Манта» и пилотах, специально подготовленных для их управления.
Так начинается захватывающее приключение Асабы и Ирии, полное тайн, дружбы и неожиданных открытий. В этом мире, где реальность переплетается с мистикой, герои должны разобраться в своих чувствах и выяснить, какую роль им отведено сыграть. "Небо Ирии" — это история о том, как дружба и смелость могут преодолеть любые преграды, даже если они приходят из другого мира.