Действие аниме "Королева Эмеральда" разворачивается в далеком будущем, когда человечество освоило бескрайние просторы Вселенной, и межгалактические путешествия стали обыденностью. Главный герой, Хироси Умино, — амбициозный молодой человек, мечтающий о собственном космическом корабле. Его мечта приводит его на загадочную планету Дайбаран, известную своими энергетическими кристаллами, из которых, как утверждают легенды, был построен могучий линкор его кумира — Тотиро Оямы.
На Дайбаране судьба сталкивает Хироси с Эмеральдой, таинственной женщиной-пиратом, обладающей непревзойденной репутацией в галактике. Она путешествует на величественном корабле «Королева», и, несмотря на свою одиночество, Эмеральда с готовностью спасает Хироси от агрессивной группы афрессианцев, которые охотятся на неё. Их встреча становится поворотным моментом в жизни Хироси, открывая перед ним новые горизонты и опасности.
Собравшись с силами, Хироси осуществляет свою мечту и строит собственный корабль, отправляясь в незабываемое космическое путешествие. На своем пути он вновь пересекается с Эмеральдой, и между ними начинает развиваться особая связь. Однако, что действительно связывает их судьбы? Какова тайна, скрывающаяся за прошлым Эмеральды и ее связью с Тотиро Оямой? В этом захватывающем приключении, полным тайн и неожиданных поворотов, Хироси и Эмеральда вместе исследуют не только бескрайние просторы космоса, но и глубины своих сердец.