В 2015 году семнадцатилетний Камина Аято завершает свои школьные дни в Токио, единственном уцелевшем городе после загадочной катастрофы, уничтожившей большую часть человечества. В его жизни осталась лишь мать, погруженная в бесконечные заботы и дела. Два года назад мир изменился навсегда: неизвестные захватчики обрушили свой гнев на планету, оставив лишь около 23 миллионов людей в живых, сосредоточенных на небольшой территории вокруг Токио. Выезд за пределы этой зоны стал невозможен, и жизнь продолжает идти своим чередом, несмотря на тени прошлого.
Однажды утром, направляясь в школу, Аято становится свидетелем начала новой войны. Силы самообороны, вооруженные как традиционным, так и совершенно революционным оружием, сталкиваются с таинственным противником. На поле боя появляются гигантские существа, называемые долемами — это нечто среднее между роботами и живыми существами, которые внушают страх и трепет. Аято, не осознавая, что его жизнь изменится навсегда, становится частью этого хаоса.
В мире, где надежда на будущее кажется призрачной, Аято и его сверстники должны найти силы, чтобы выжить и противостоять новым угрозам, которые сваливаются на их головы. С каждым днем они все ближе к разгадке тайны, стоящей за нападениями, и к пониманию своего места в этом разрушенном мире. "Ра-Зефон" погружает зрителей в атмосферу борьбы, выживания и поиска истины, где каждый шаг может стать решающим.