В аниме "Покемон: Мьюту возвращается" команда "Р", возглавляемая хитроумным Джованни, разрабатывает коварный план по поимке легендарного покемона Мьюту. Они обнаруживают его в уединённом и спокойном регионе Джото, где Мьюту скрывается от людского внимания. Чтобы заманить Мьюту в ловушку, Джованни решает использовать покемонов-клонов, созданных с помощью генетических экспериментов.
Команда "Р" начинает захват покемонов-клонов, чтобы создать идеальные условия для поимки Мьюту. Эти клоны, обладающие уникальными способностями, становятся важным элементом их стратегии. Джованни верит, что если ему удастся поймать Мьюту, он сможет использовать его силу для своих эгоистичных целей и осуществить свои амбициозные планы по господству.
Тем временем наши герои, включая Эша, Мисти и Брока, узнают о затеях команды "Р" и решают вмешаться. Они понимают, что Мьюту, несмотря на свою мощь, также испытывает одиночество и непонимание. Эш и его друзья стремятся спасти как покемонов-клонов, так и самого Мьюту, чтобы показать ему, что он не одинок и что есть место, где его примут.
В ходе напряжённой борьбы, наполненной эмоциями и экшеном, герои сталкиваются с моральными дилеммами, касающимися природы покемонов и их места в мире. Конфликт между командой "Р" и Эшем становится не только борьбой за физическое превосходство, но и за сердца покемонов, стремящихся к свободе и принятию. В финале истории Мьюту сталкивается с выбором: остаться в одиночестве или принять дружбу и поддержку, что станет решающим моментом в его судьбе.
