В августе 1995 года юный Микия Кокуто сталкивается с загадочной девушкой в кимоно по имени Сики Рёги. Их первая встреча окутана тайной, и уже вскоре Микия осознает, что они учатся в одной школе. Пытаясь наладить контакт, он стремится узнать больше о Сики, её необычном характере и странных привычках. Постепенно между ними устанавливается доверительный контакт, и Микия начинает ощущать, что за внешним спокойствием Сики скрывается нечто большее.
С каждым новым разговором Микия погружается в мир, наполненный загадками и скрытыми опасностями. Он начинает замечать, что его новая подруга обладает не только уникальными способностями, но и довольно мрачной стороной, которая способна угрожать не только ей, но и окружающим. Сики оказывается не просто обычной девушкой, а носительницей силы, способной решать вопросы жизни и смерти.
С развитием сюжета Микия всё больше осознает, что его дружба с Сики может иметь серьёзные последствия. Он оказывается втянут в её мир, где границы между реальностью и сверхъестественным стираются. Их отношения становятся испытанием для обоих, и Микия вынужден решать, готов ли он принять опасности, которые несёт с собой дружба с Сики Рёги. "Граница пустоты: Сад грешников" — это история о любви, дружбе и тёмных тайнах, которые могут изменить судьбы людей навсегда.