В 2133 году, после опустошительной глобальной войны, которая унесла жизни более половины человечества, город Олимп стал символом надежды в мире, погруженном в хаос и страдания. Олимп представляет собой утопию, управляемую высокоразвитыми технологиями: здесь правит суперкомпьютер Гайа, а ключевые политические посты занимают биороиды — искусственно созданные существа, не знающие ни злости, ни ненависти.
Главные герои, Дюнан Нант — молодая и опытная военная, и Бриарюс — элитный солдат с кибернетическим телом, являются не только напарниками, но и возлюбленными, которые защищают мир и порядок в этом идеальном обществе. Однако их жизнь меняется, когда в команду к Дюнан присоединяется Терея — экспериментальный биоройд-воин, созданный на основе ДНК Бриарюса. Он не только выглядит точно так же, как Бриарюс, но и обладает его физическими способностями.
Такое соседство ставит под угрозу не только личные отношения Дюнан и Бриарюса, но и саму стабильность Олимпа. Друзья сталкиваются с новыми вызовами, когда их идеальный мир начинает трещать по швам, а доверие оказывается под угрозой. В этой напряженной обстановке им предстоит выяснить, что значит быть человеком, и как сохранить свою человечность в условиях, когда эмоции и чувства становятся предметом манипуляций. В "Яблочном зернышке 2" зрители увидят, как в условиях технологического прогресса и моральных дилемм развиваются отношения, преданность и борьба за истинные ценности.
