Два года прошло с последней битвы с Фестумами, и жизнь на острове Тацумия постепенно возвращается к своему привычному течению. Однако для Казуки Макабэ, который ослеп после тех трагических событий, каждый день становится испытанием веры. Он всё больше сомневается в обещании, данном ему Соши — о том, что тот вернётся и всё станет как прежде. Но однажды ночью мирная жизнь острова нарушается: в бухту прибывает загадочная подводная лодка, а на её борту оказывается юноша по имени Мисао Курусу. Он утверждает, что его послал сам Соши, и это заявление меняет всё.
Появление Мисао становится катализатором для нового витка конфликта между человечеством и Фестумами. Вражда, казавшаяся утихшей, вспыхивает с новой силой, и жители острова вновь оказываются в центре опасной игры. Казуки, столкнувшись с новой реальностью, должен найти в себе силы, чтобы противостоять угрозе, которая вновь нависла над его домом. С каждым шагом он всё больше осознаёт, что его судьба и судьба всего человечества переплетены с Мисао и его тайной.
На фоне эпических сражений и эмоциональных переживаний, "Небесный Фафнир" исследует темы надежды, жертвы и силы человеческого духа. Казуки, преодолевая свои внутренние демоны, должен решить, что значит быть настоящим героем в мире, где границы между добром и злом размыты. В этом фильме каждый момент на вес золота, и каждое решение может изменить ход истории.