Триста лет назад на Земле произошёл катастрофический генетический эксперимент, который вызвал мутацию всех лесов. Растительность, обретя сознание, начала воспринимать человечество как угрозу и устроила опустошительную войну. В этом мире, полном хаоса и разрушений, маленький мальчик по имени Агито живёт со своим отцом в небольшой деревне, находящейся на грани выживания. Деревня поддерживает хрупкое перемирие с соседним лесом, который полон опасных существ, жаждущих мести.
Однажды, отправившись за водой, Агито наталкивается на загадочную машину, скрытую в глубине леса. Внутри он находит спящую девушку, которая, кажется, является ключом к разгадке многих тайн, окружающих этот мир. Её появление ставит под угрозу существующее равновесие между людьми и растительностью, и Агито оказывается втянутым в события, которые могут изменить судьбу всего человечества.
С каждой минутой, проведённой с этой загадочной девушкой, Агито начинает понимать, что между ними есть нечто большее, чем просто случайная встреча. Он должен решить, как поступить: защитить свою деревню или раскрыть тайны, которые могут привести к миру или, наоборот, к окончательному уничтожению. В этом опасном путешествии ему предстоит столкнуться с внутренними страхами, предательством и истинной природой человечества. "Исток" — это история о надежде, борьбе за выживание и открытии, что даже в самых тёмных временах можно найти свет.