В последние годы XX века человечество столкнулось с ужасной реальностью: планета больше не принадлежит ему. Огромные монстры, именуемые кайдзю, вырвались из недр Земли и начали разрушать города, сражаясь друг с другом. Наиболее устрашающим из этих существ стал Годзилла — непобедимый ящер с радиоактивным дыханием, способный уничтожить всё на своём пути. В ответ на эту угрозу человечество решает покинуть родную планету в поисках нового дома.
Спустя 20 лет космических скитаний становится очевидно, что шансы найти пригодную для жизни планету крайне малы. Харуто, которому в тот момент было всего 4 года, оказался на борту корабля переселенцев. Взрослея, он приходит к выводу, что человечество позорно сдалось, вместо того чтобы бороться за свою Землю и сражаться с Годзиллой. Его идеи о возвращении начинают набирать популярность, и вскоре принимается решение вернуться на родину.
Однако использование технологии гиперскачка приводит к тому, что переселенцы возвращаются на Землю через 20 000 лет после своего бегства. Они обнаруживают, что от цивилизации не осталось и следа: миром правят чудовища, а на вершине пищевой цепочки восседает Годзилла — враг всего человечества. Теперь Харуто и его единомышленникам предстоит столкнуться с новой реальностью и попытаться вернуть себе то, что когда-то было утрачено. В этом захватывающем аниме «Годзилла: Планета чудовищ» зрители погружаются в мир, где выживание стало настоящей битвой, а надежда на будущее — единственным светом в темноте.